一、温度。马铃薯籽种的贮藏，一般要求较低的温度，10～11月，马铃薯正处在后熟期，呼吸旺盛，这时应以降温散热、通风换气为主，*适温度应在4℃；贮藏中期的12月至第二年2月，正是气温处于严寒低温季节，马铃薯块易受冻害，这一阶段应是防冻保暖，温度应控制在13℃；贮藏末期3～4月份，气温转暖，窖温升高，籽种开始萌芽，这时应注意通风，温度应控制在4℃。
二、湿度。在马铃薯块茎的贮藏期间，保持窖内适宜的湿度，可以减少自然损耗和有利于块茎保持新鲜度。因此，当贮藏温度在13℃时，湿度*控制在85%～90%之间，湿度变化的安全范围为80%～93%，在这样的湿度范围内，块茎失水不多，不会造成萎蔫，同时也不会因湿度过大而造成块茎的腐烂。
三、空气。马铃薯块茎的贮藏窖内，必须保证有流通的清洁空气，以减少窖内的二氧化碳。籽种长期贮藏在二氧化碳较多的窖内，就会增加田间的缺株率和长期植株发育不良，结果导致产量下降。通风又可以调节贮藏窖内的温度和湿度，把外面清洁而新鲜的空气通入窖内，而把同体积的二氧化碳等排出窖外。
四、堆放方法。马铃薯籽种在窖内的堆放方法有堆积黑暗贮藏、薄摊散光贮藏、架藏、箱藏等等。
五、管理方法。马铃薯籽种在入窖前，要将窖内清理干净，用石灰水消毒地面和墙壁。对于籽种要严格选去烂、病和伤种，将泥土清理干净，堆放避光通风处；入窖后用高锰酸钾和甲醛溶液熏蒸消毒杀菌(每120平方米用500克高锰酸钾兑700克甲醛溶液)，每月熏蒸一次，防止块茎腐烂和病害的蔓延。并且每周用甲酚皂溶液将过道消毒一次，以防止交叉感染。另外籽种贮藏期，老鼠的危害也不容忽视。此外，还要严格控制窖温、湿度，保持通风，降低贮藏期间的自然损耗。