1、盆栽柠檬一年四季均可以修剪。不同的修剪时间段对于柠檬树的生长有不同作用，修剪枯枝败叶能够保障柠檬树的生长需求，避免枝条过多，分散吸收土壤养分，对挂果造成一定影响，因此可以对柠檬树进行修剪，来保证主要枝条的生长即可。
2、冬春修剪。冬季柠檬树生长停滞，经过修剪的植株能够集中养分生长，有利于次年发芽，春季修剪是为夏季生长期的营养供应平衡做准备。冬春季节修剪主要是针对病枝、枯枝、徒长枝、内向枝、交叉枝等枝条，留下强枝去弱枝，一般留4-5个芽即可。
3、夏季修剪。夏季柠檬树进入生长期，可以通过抹芽、摘心和截短来控制枝条的生长，促进植株挂果养分吸收。花期时修剪可以将未长叶片的花枝剪去，同样也是减少养分消耗，集中养分到强劲枝干，促进果实发育，修剪后应注意消毒，避免病虫害的发生。
4、病虫害防护。植株在生长期遇到病虫害时，要立即对枝条进行修剪，剪去染病部分，能够遏制虫害在植株内的传递，即使长势较好的枝条遇到虫害严重时，也要及时剪除，这样能够有效控制虫害的大范围发生，避免整个植株都陷于病虫害之中。