上海轨道交通13号线，编号M5，为上海其中一条在建中的轨道交通路线。综合铁道第四勘察设计院于2007年6月发布的资料及上海市环境保护宣传教育中心于2005年11月11日发布的资料，十三号线由嘉定区江桥镇华江路站至浦东新区御桥华夏中路站。线路全长33.6千米，均为地下线，共有26个地下车站和2个车辆段，分别为北翟路停车场（与二号线共享）及川杨河辅助停车场，全线工程总投资为198.68亿元人民币。
按照规划，工程将分二期进行。
轨道交通13号线工程是上海市城市轨道交通路网规划中的一条纵贯中心城区的“西北——东南”轴向的直径线，也是轨道交通路网中的一条重要的主干线。
轨道交通13号线一期工程线路正线全长为全长16.4公里，起点为华江路站，经金沙江西路、金沙江路、长寿路、天目西路、恒丰路、大田路、石门路，到达一期工程终点南京西路站。线路途经上海市嘉定、普陀、闸北、静安4个行政管辖区。
轨道交通13号线一期工程共设14座车站，沿线与1、2、3、7、11、12号线共6条线、5座站换乘，其中三线换乘站2座，两线换乘站3座，全部为地下站，分别是华江路站、金沙江西路站、丰庄站、祁连山南站、真北路站、大渡河路站、金沙江路站(与3号线换乘)、隆德路站(与11号线换乘)、武宁路站、长寿路站(与7号线换乘)、江宁路站、汉中路站(与1号线、12号线换乘)、自然博物馆站、南京西路站(与2号线、12号线换乘)。
轨道交通13号线一期工程设北翟路车辆基地1座（与2号线共享），设控制中心1座（与11号线共享）和变电所1座（与11号线共享）。
轨道交通13号线一期工程在2012年建成以后，将与同年建成的11号线北段二期和12号线一起，形成总共13条线、237座车站、总长500公里运营里程的上海轨道交通基本网络，每天可接纳近800万人次，占全市公交出行总量的40%以上，大大方便了市民的交通出行，从而使上海的轨道交通跨入世界先进行列。
二期由南京西路站延伸至罗山路站，现阶段有消息指出计划于2022年开通。
横穿上海市中心
１３号线是上海市城市轨道交通路网中西北－东南的重要骨干线路，穿越嘉定、闵行、长宁、普陀、静安、闸北、卢湾和浦东等８个行政区，经过金鹤公路、金沙江路、长寿路、天目西路、恒丰路、石门路、瑞金路、成山路、沪南路等客运交通走廊和大型客流集散点，串联城市总体规划中的几个中心，如长风地区、华阳社区、江宁社区、不夜城综合开发区、太平桥二期和部分历史文化风貌保护区、世博会地区以及浦东的三林、六里地区。
１３号线全长３３．６公里，均为地下线。２６座车站分别为华江路站、金沙江西路站、丰庄路站、祁连山南路站、真北路站、大渡河路站、金沙江路站、隆德路站、武宁路站、长寿路站、江宁路站、汉中路站、南京西路站、淮海中路站、淡水路站、马当路站、卢浦大桥站、世博园（查看地图）站、长清路站、成山路站、东明路站、六里站、下南路站、北蔡站、莲溪路站和罗山路站，均为地下站。
据环评报告透露，１３号线将分段修建，预计全线工程总投资为１９８．６８亿元，２０１５年完成华江路站至南京西路站线路，长１５．９ｋｍ，设车站１３座；２０２２年完成华江路站至罗山路站线路。
世博专用线
十三号线其中三个车站（卢浦大桥、世博园、长清路）及淡水路—长清路四个全长约5公里的地铁隧道区间，属于2010年世界博览会的「世博专用线」（或称「世博过江段」），计划2010年初提早投入运营，以便开幕前建成启用，作为世博园内专用轨道交通。在世博会期间此段线路将不纳入轨道交通运营网络，而是凭世博会门票免费乘坐。 此区间由上海建工（集团）总公司于2007年3月以13.38亿元人民币的投得建设权；工程竣工并试运营一年后，则会由招标人回购。
规划中换乘车站
祁连山南路站 - 与十六号线换乘
大渡河路站 - 与十五号线换乘
金沙江路站 - 与三号线及四号线换乘
隆德路站 - 与十一号线换乘
武宁路站 - 与十四号线换乘
长寿路站 - 与七号线换乘
汉中路站 - 与一号线及十二号线换乘
南京西路站 - 与二号线及十二号线换乘
淡水路站 - 与十号线换乘
马当路站 - 与九号线换乘
长清路站 - 与七号线换乘
成山路站 - 与八号线换乘
东明路站 - 与六号线换乘
上海轨道交通13号线的发展规划
按照规划，工程将分三期进行。
1.现开通金运路站、金沙江西路站、丰庄站、祁连山南路站、真北路站、大渡河路站、金沙江路站、隆德路站、武宁路站、长寿路站、江宁路站、汉中路站、自然博物馆站、南京西路站、淮海中路站、新天地站、马当路站、世博会博物馆站和世博大道站。
2.轨道交通13号线一期工程设北翟路车辆基地1座（与2号线共享），设控制中心1座（与11号线共享）和变电所1座（与11号线共享）.
3.轨道交通13号线一期西段（工程于2012年年底首先开通）。