朱棣虽然经常在北平办公，但也没有否定应天府的京师地位，所以这个时候明朝又同时存在了两个京师。北平府在北面，所以称为“北京”；应天府在南面，所以称为“南京”，这也是以上两个地名的由来。从此之后，一直到明朝灭亡，都有南北两京，也分别有两套官员班子。
提起明朝的首都，大部分都知道是北京，稍懂历史的可能还知道南京也曾是明朝的首都，但其实明朝历史上共有四个首都，分别是应天府（南京）、汴梁（开封）、临濠（凤阳）、北平（北京）。
朱元璋的一生之中，无论是起兵造反，还是四方征战，还是当了皇帝之后，做的所有的事情都是杀伐果断，极少拖泥带水，唯独在定都这件事上，朱元璋始终犹豫不决，一直到死都没有做出最后的决定。
在击败陈友谅和张士诚，又设计害死小明王韩林儿之后，朱元璋于1368年正月在应天府称帝，定了国号，叫“大明”，也定了年号，叫“洪武”，但是却没有定京师在哪里。
直到1369年九月，朱元璋将元顺帝彻底赶到漠北之后，才召集群臣讨论定都的问题，手下大臣们纷纷提出了自己的看法，提供了很多选项，但朱元璋却都感到不满意。
获得提名最多的是应天府，应天府在元朝是叫集庆，朱元璋打下来之后就改名为应天府。
在建国过程中，朱元璋正是以应天为根据地，西边击败陈友谅，东边击败张士诚，占据了长江流域，然后在南征、北伐，统一了全国。
可以说应天就是朱元璋的大本营，跟随他的文武官员也大多在应天居住，朱元璋又是在应天府称帝，将其定为京师是最合理的。
但是，朱元璋对应天府却不太满意，因为元末明初虽然南方的经济繁荣程度已经超过了北方，但传统意义上的政治中心一直都在北方的中原地区，定都应天府的话，对北方广袤领土的辐射能力不够。
而且，历史上定都这里的，大多是偏安一隅的政权，寿命也大都很短，比如三国时的东吴，南北朝时的东晋、宋齐梁陈，南宋的一百五十多年就已经是最长的了。
朱元璋当然不希望自己一手建立的大明是一个短命王朝，所以不太满意。
获得提名较多的还有汴梁。汴梁就是开封，是北宋的旧都。
徐达北伐的时候，朱元璋曾经亲自赶到汴梁，召开了一次非常重要的阵前指挥会议，其中也包含了考察汴梁是否合适成为明朝的京师。
因为朱元璋曾经是小明王韩林儿的部下，韩林儿建立的龙凤政权国号就是宋，汴梁是北宋的旧都，政治上的意义不言而喻。而且，汴梁位于北方中原的核心地带，辐射全国的作用明显强于南京。
但是经过考察，朱元璋却感到非常失望，因为他发现汴梁如果作为京师，有一个最大的缺点，那就是在地形上没有天险可守，一马平川。一旦发生战事，敌人可以很快就兵临城下，包围京师。
对此，熟知兵法的朱元璋感到很不放心。此外，在北宋灭亡后的两百多年时间里，汴梁屡遭战火，早已凋敝不堪，宫殿损毁殆尽，朱元璋考察之后也不满意。
朱元璋自己想要把京师定在濠州，濠州就是凤阳，朱元璋改名为临濠。
这或许是朱元璋的一种执念，因为朱元璋的老家就是濠州，他也是从这里走出了统一全国的第一步，当时他还俗投军的时候，就是投靠的驻扎在濠州的郭子兴率领的起义军。
临濠是一个小地方，当年彭大、赵均用等人的部队来到后，和郭子兴的军队合在一起，仅仅五六万人当地就已经无法提供足够的供应了。
如果将临濠定为京师，那么不仅有大量的文武官员，以及他们的家眷，还要有数量庞大的驻守京师的军队，临濠这种小地方根本无力承担。
朱元璋也曾派人在临濠修建了很多宫殿，也派人很多人去工作，但最终他发现临濠是真的无法胜任京师这个“岗位”。最后，在手下重要谋臣刘伯温的劝说下，朱元璋放弃了将临濠作为京师的想法。
朱元璋其实自从称帝之后，一直在以上三个选项中摇摆不定，所以他将应天府定为“南京”，即南边的京师；将汴梁定为“北京”，即北边的京师；将临濠定为“中都”，即中间的都城。
直到洪武十一年，朱元璋在反复考量之后，才终于下诏“改南京为京师”，这也就意味着应天府成为大明王朝正式的政治中心，而且是唯一的中心，那么另外的汴梁自然不能再被称为北京了，临濠也不能被称为中都了。
虽然朱元璋将应天府定为京师，但其实他心中还是不满意的，此后十几年，他一直在考虑迁都的问题，经过反复斟酌，朱元璋将目标放在了陕西西安府。
为此他特意在洪武二十三年（1390年），特派太子朱标巡抚陕西，监督西安城墙的修建工作，并实地考察西安作为明朝“北京”的可行性。
可惜的是，朱标自巡抚陕西之后，回到南京不久便离世，这对朱元璋打击很大，他甚至以为，朱标之死是上天不想让他迁都的惩罚。
在朱标病逝当年的腊月二十三日，朱元璋在祭灶神爷文中说道：“朕经营天下数十年，事事按古就绪。惟宫城前昂后洼，形势不称。本欲迁都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲劳民。且废兴有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙”。
可见，朱元璋此时虽然仍有迁都的想法，但想来想去，还是放弃了。
朱元璋死后，将皇位传给了朱标之子朱允炆，即建文帝。建文帝继位后大刀阔斧削藩，逼得燕王朱棣造反，最终历经四年，朱棣打进南京，登基称帝，即永乐帝。
朱棣继位之后，立即着手迁都的相关事宜。朱棣的迁都理由比较复杂，一方面是应天府作为京师，确实有地理上的不足，难以辐射到北方的广大领土。
另一方面，朱棣的皇位毕竟是夺来的，名不正，言不顺，反对他的人很多，尽管朱棣杀了一大批建文忠臣，但仍旧感到压力很大，而北平是他做燕王时的封地，在那里经营了二三十年的时间，根深蒂固。
除此之外，北元政权虽然早已被击溃，但草原上蒙古诸部依然势力很大，边患十分严重，这必然就要给边塞诸王更多的兵权。可朱棣自己就是靠这个起家的，当然不会重蹈覆辙，因此他宁可将京师迁到北平，天子守国门。
而且，朱棣迁都是打着朱元璋的旗号的，只不过朱元璋虽然确实有迁都的意思，但目标却是西安，而不是北平。
朱棣虽然经常在北平办公，但也没有否定应天府的京师地位，所以这个时候明朝又同时存在了两个京师。北平府在北面，所以称为“北京”；应天府在南面，所以称为“南京”，这也是以上两个地名的由来。
从此之后，一直到明朝灭亡，都有南北两京，也分别有两套官员班子。
朱棣于永乐十九年，正式宣布迁都北平之后，北京正式成为京师，南京则成了一个陪都，所以大部分情况下都是以北京的官员班子为主。
比如北京的吏部就直接称为“吏部”，而南京的吏部则要加上两个字，称为“南京吏部”，权力大小更是天差地别，其他相对应的官职也是如此。
综上所述，朱元璋建国后，设立了三个首都，即“北京”汴梁、“南京”应天府、“中都”临濠。十一年后，朱元璋最终确定将应天府作为唯一的京师。
朱棣夺位之后，迁都北平，因此将北平称为“北京”，应天府称为“南京”。
所以，严格来说，明朝先后共有四个首都，即应天府（南京）、汴梁（开封）、临濠（凤阳）、北平（北京）。