他们两个是敌对势力的。刚开始他们是共同反抗元朝的，后来是各自为政的。朱元璋和陈友谅是敌人的关系，1363年，陈友谅率六十万水军进攻朱元璋，双方在鄱阳湖展开决战。鄱阳湖水战自八月二十九日开始，到十月三日结束，进行了三十六天。朱元璋的军队充分发挥小船灵活的长处，火攻陈军，最终取胜，陈友谅被乱箭射死。
在元末的农民战争和地方势力争霸中，陈友谅可谓是朱元璋遇到过的最强大对手之一。尤其是在南方地区，拥兵60万发起进攻的陈友谅，一度给朱元璋的集团以前所未有的压力。但在昙花一现之后，陈友谅的大汉集团便迅速萎靡下去。这是哪些因素造成的呢？
事实上，陈友谅集团就是朱元璋集团的翻版。双方无论是个人出身，还是发迹历史都非常类似。这也注定了两伙人在长江的中游崛起后，势必首先展开火拼。
由于地理原因 陈友谅与朱元璋必将首先产生冲突
根据现存的历史记载，陈友谅本人在青年时代接受一些粗浅的基础教育，并在元末的地方县衙中担任过小吏。在原有社会制度不出现大的裂痕或崩溃时，这样的出身的人是很难有机会跻身高位的。、
就像朱元璋那样，陈友谅也在后来的元末大乱中投入红巾军。随后利用其它义军集团之间的火拼，坐收渔人之利，逐步壮大了声势。
在确定荆湖地区已没有其他强大实力的前提下，开始逐步攻克周围郡县城市，并以国号汉来自居。
由于早期的红巾军核心陨落，朱元璋和陈友谅便成为了红巾军势力内部的两个独立集团。双方都位于长江中游地带，非常容易开始火拼。
但从地缘形式来看，陈友谅的地盘比起朱元璋来说是吃亏不少。尽管有很多人会根据历史惯例认为，中游对下游具有顺水而下的优势。
但陈友谅集团其实并没有染指上游的巴蜀地区，所以在对下游的优势时，显得非常不明显。
理论上 长江上游势力对下游具有天然优势
其次，陈友谅所处的两湖、荆楚地带，在开发程度和资源汲取方面都不如朱元璋的地盘。后者的控制区大体就在今天的苏南西部、安徽和江西三地，都是历史上较为富庶的农业产区。
相比陈友谅地盘内的有限平原耕地，可以出产更多的粮食来用于军需。尽管双方的控制区都是沿着长江和支线水系分布为主，但朱元璋所控制的流域还是大于陈友谅。
再者，朱元璋集团在交通便利上也强于陈友谅。双方同样依仗大量船只进行运输或机动，但陈友谅可以选择的航线覆盖度较低。
而朱元璋集团不仅有长江、赣江可用，还触及到了元朝的大运河一段。所以，朱元璋的更大领地面积，就可以方便的将更多物资和兵力也集中到需要的地方。加上境内的平原地势更多，也让地方力量不一定要依仗水系机动。
陈友谅实际上控制的多山地形更多，除了水系外很难有及其便捷的大规模交通手段。这不仅限制了他的动员水平，也让其军事行动路线很容易被预判和封锁。
朱元璋不仅控制长江中下游 还可以阶段元朝大运河
在陈友谅与朱元璋的战争中，剧本往往都是一个模式。即陈友谅趁着朱元璋在其他方向作战时，走水路突袭朱元璋控制区内的某个关键城市。
如果能够攻克，就继续经略其他地方。但如果进攻受阻，则没有其他备选方案。最终在鄱阳湖被朱元璋用水陆军完全封锁，成为了瓮中之鳖。这其实有很大成分的地缘格局因素。
最后，朱元璋所控制的地区也更有利于自己获得先机的军事技术。虽然同为红巾军出生，朱元璋的部队却可以在淮河流域、浙江西部等地，收获蒙古色目人群留下的各类技术成果。
其中既有战争中的战俘，也会有人迫于生计而主动投靠。这就让朱元璋从中后期开始，拥有了其他普通军阀势力所不具备的先进工兵部队。
例如进攻苏州时的回回砲技术，其实就源自早年的浙江战役。到后来进入巴蜀，成功击败大夏政权，也有掌握原始火器的因素存在。
鄱阳湖水战其实就是陈友谅集团劣势的全方位暴露
与之相对，陈友谅的地盘就无法同朱元璋的两淮和江南相比。其集团掌握的核心技术就是造船。但这些船只往往为了增大规模而被建造的非常笨重，基本只能够在风浪较小的内湖活动。
与庞大的船体所不匹配的，是异常低效的风帆动力系统。为此，陈友谅的船队还必须征发超额的人力来做桨手。
结果当然就是自己的船队，会比朱元璋的部队更快消耗掉更多的物资。不仅口粮吃紧，连饮水供养都会出现问题。加之没有成熟的攻城武器技术，在攻打城墙不靠水岸的城市时就表现十分挣扎。
所以，陈友谅的失败其实没有太大悬念。在近乎单挑的状况下，他麾下集团在物资、技术、人力和地缘环境方面都不如朱元璋的要好。若非有长江下游的张士诚等势力牵制，鄱阳湖一类的惨败可能会更早发生。