在节能温室中栽培的瓜类、茄果类、豆类等蔬菜已经发现的病害有100多种，经常发生、危害比较严重的有50余种，在这些病害当中，除黄瓜霜霉病等极少数病害是借助气流和人们的农事活动从温室外面传入外，绝大多数真菌性、细菌性病害和部分病毒性病害，例如立枯病、枯萎病、猝倒病、菌核病、炭疽病、根腐病等病害，其病菌都是在土壤中或借助病残体在土壤中越冬。
这些病害的初次侵染，几乎都是来自温室内的土壤。所以说，是否能够预防和控制住土传病害，是节能温室蔬菜栽培成败的关键。
防治土传病害，必须认真实行“以防为主、综合防治”的植保方针，切实做好以下工作。
1.利用温室封闭性能好的特点，在暑季室内作物换茬时，采取水淹、火烧、高温焖室等技术措施，铲除室内土壤中残留病菌，净化土壤，力争室内无菌，杜绝以上各类病害的初次侵染。
2.注意肥料卫生，严防带菌肥料进入温室；施用的有机肥料，必须经过暑季覆盖塑料薄膜高温处理、充分腐熟，并用4000倍99%天达恶霉灵药液细致喷洒杀菌后，方可施用。
3.管理人员入室，要在室外的操作房中更换鞋袜和工作服，防止衣物、鞋袜带菌入室；操作房地面，要撒石灰面消毒，鞋袜和工作服，要勤洗勤晒、杀菌消毒；人员入温室后，要随手关门落锁，严禁外来人员、特别是其它温室的管理人员进入室内，以防其它温室病害交互感染和室外病菌侵入温室。
4.培育壮苗 ，育苗时，要选用无菌基质配制营养土，并用4000倍99%天达恶霉灵药液细致喷洒营养土，彻底杀灭土内残存病菌。
此外为数不少的病害，由种子携带，育苗前须用4000倍99%天达恶霉或1%的高锰酸钾或10%磷酸三钠等药液浸种10～30分钟，杀灭病菌。
建苗床时，要在营养土下面铺设沙砾或小石子、底部铺薄膜、实行膜上土下渗灌，并调控好苗床光照、温度，搞好病虫害防治，促成壮苗。
5.秧苗移栽时，须用4000倍99%天达恶霉灵加2000倍天达高效氯氟氰菊酯药液或2%天达阿维药液细致喷洒苗床和秧苗，做到净苗入室。栽后及时用1000倍壮苗型“天达2116”+4000倍99%天达恶霉灵，或500～1000倍旱涝收+4000倍99%天达恶霉灵药液灌根，每株100～200毫升；以后结合根外追肥和防病用药，掺加600~1000倍“天达2116”，每10～15天一次。地下每亩冲施天达根喜欢高浓缩冲施肥5公斤，促进营养体的生长发育，提高光合效率，增根壮秧，增强植株的抗病性和适应能力，使之减少发病或不发病。
6.实行轮作，恶化病菌的生态条件，减少侵染；增施有机肥料、磷钾肥料和微量元素肥料，调整好植株营养生长与生殖生长的关系，维持植株健壮长势，提高作物的抗病性。